Se diplomó como técnico químico, y eligió luego el camino del sacerdocio, entrando en el seminario diocesano de Villa Devoto. El 11 de marzo de 1958 pasó al noviciado de la Compañía de Jesús. Completó los estudios de humanidades en Chile y en 1963, al regresar a Argentina, se licenció en filosofía en el Colegio San José, de San Miguel. Entre 1964 y 1965 fue profesor de literatura y psicología en el Colegio de la Inmaculada de Santa Fe y en 1966 enseñó las mismas materias en el Colegio del Salvador en Buenos Aires. De 1967 a 1970 estudió teología en el Colegio San José, y obtuvo la licenciatura.
El 13 de diciembre de 1969 recibió la ordenación sacerdotal de manos del arzobispo Ramón José Castellano. Prosiguió la preparación en la Compañía de 1970 a 1971 en Alcalá de Henares (España), y el 22 de abril de 1973 emitió la profesión perpetua. De nuevo en Argentina, fue maestro de novicios en Villa Barilari en San Miguel, profesor en la facultad de teología, consultor de la provincia de la Compañía de Jesús y también rector del Colegio.
El 31 de julio de 1973 fue elegido provincial de los jesuitas de Argentina, tarea que desempeñó durante seis años. Después reanudó el trabajo en el campo universitario y entre 1980 y 1986 es de nuevo rector del colegio de San José, además de párroco en San Miguel. En marzo de 1986 se traslada a Alemania para ultimar la tesis doctoral; posteriormente los superiores le envían al colegio del Salvador en Buenos Aires y después a la iglesia de la Compañía de la ciudad de Córdoba, como director espiritual y confesor.
Es el cardenal Antonio Quarracino quien le llama como su estrecho colaborador en Buenos Aires. Así, el 20 de mayo de 1992, Juan Pablo II le nombra obispo titular de Auca y auxiliar de Buenos Aires. El 27 de junio recibe en la catedral la ordenación episcopal de manos del purpurado. Como lema elige Miserando atque eligendo “lo miró con misericordia y lo eligió” y en el escudo incluye el cristograma IHS, símbolo de la Compañía de Jesús.
El 3 de junio de 1997 fue promovido como arzobispo coadjutor de Buenos Aires. Antes de nueve meses, a la muerte del cardenal Quarracino, le sucede, el 28 de febrero de 1998, como arzobispo, primado de Argentina. El 6 de noviembre sucesivo fue nombrado también Ordinario para los fieles de rito oriental residentes en el país y desprovistos de Ordinario del propio rito.
Tres años después, en el Consistorio del 21 de febrero de 2001, san Juan Pablo II le crea cardenal, asignándole el título de San Roberto Bellarmino. Hasta el inicio de la sede vacante era miembro de las Congregaciones para el culto divino y la disciplina de los sacramentos, para el clero, para los institutos de vida consagrada y las sociedades de vida apostólica; del Consejo pontificio para la familia y de la Comisión pontificia para América Latina.